Skansen vill vara en naturlig del av undervisningen i frågor kopplade till Östersjön, hållbar utveckling och biologisk mångfald. Här får eleverna uppleva livet under ytan, men också vara aktiva och undersöka olika frågor och fenomen.
BSSC samarbetar med Stockholm Vatten och Avfall kring skolverksamheten. Genom samarbetet erbjuds skolor i Stockholms och Huddinge kommun kostnadsfri undervisning.